Столица Колумбии находится на берегу небольшой речки Рио-Сан-Франсиско. В настоящее время реку заключили в подземный коллектор, чтобы застроить образовавшуюся территорию. В древнейшие времена на месте Боготы находилось озеро, питавшееся этой рекой, но впоследствии высохшее.
Экваториальное местонахождение мало сказалось на климате Боготы: по причине того, что город находится на большой высоте над уровнем моря, здесь совсем не жарко. Более того, это — одна из немногих экваториальных столиц на планете, где круглый год случаются заморозки, а то и буйные снегопады. Не менее часты здесь землетрясения Богота стоит в сейсмической зоне, - но сила их, как правило, невелика. Здесь всегда высокая влажность — из-за облаков, что спускаются с гор и создают эффект теплицы.